| 序号 | 项目（课题名称） | 编号 | 负责人及单位 | 参加人员 | 起止时间 | 本年度经费（万元） | 项目类型 | 参与类型 |
| 1 | 我国典型赤潮高发区赤潮的生物-化学-物理过程的数值模拟 | 2001CB409706 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟 | 2002-04:2007-03 | 2.46 | 973计划 | 主要负责 |
| 2 | 水华蓝藻生消的生物学机制 | 2002CB412306 | 康瑞娟 : 中国科学院过程工程研究所 | 丛威 | 2003-04:2008-03 | 4.92 | 973计划 | 参与 |
| 3 | 先导及靶标虚拟筛选的农药化学生物信息技术体系建立 | 2003CB114401 | 任天瑞 : 上海有机所 | 任天瑞 | 2004-01:2006-12 | 16 | 973计划 | 参与 |
| 4 | 生物转化过程中水资源的高效利用与清洁工艺 | 2003CB716007-1 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟 | 2004-01:2008-12 | 11.87 | 973计划 | 主要负责 |
| 5 | 生物催化与生物转化的关键科学问题 | 2003CB716007-2 | 李浩然 : 中科院过程所 | 杜竹玮 | 2004-01:2008-12 | 6.19 | 973计划 | 主要负责 |
| 6 | 硫化矿生物预氧化体系复杂界面作用 | 2004CB619203 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟 | 2004-09:2009-08 | 30 | 973计划 | 主要负责 |
| 7 | 秸秆资源生态高值化关键过程的基础研究 | 2004CB719700 | 陈洪章 : 中科院过程所 | 2004-09:2009-08 | 0 | 973计划 | 主要负责 | |
| 8 | 微生物脱硫与吸附脱硫耦合 | 2006CB202507 | 邢建民 : 过程所 | 邢建民 | 2006-11:2011-10 | 0 | 973计划 | 主要负责 |
| 9 | 药物设计关键技术的集成创新及其产业化 | 2003AA235010 | 任天瑞 : 中科院过程所 | 任天瑞 | 2004-01:2006-12 | 10 | "863"计划 | 参与 |
| 10 | 多酶体系分子生物机器由甘油生产二元醇 | 20060102Z2012 | 王平 : 中科院过程所 | 张松平 | 2006-09:2009-09 | 55 | "863"计划 | 主要负责 |
| 11 | 生物脱硫磁性固定化技术研究及应用 | 20060102Z2042 | 邢建民 : 过程所 | 邢建民 | 2006-11:2009-10 | 0 | "863"计划 | 主要负责 |
| 12 | 聚电解质自组装膜用于仿生设计层状复合材料的研究 | 20306029 | 杜竹玮 : 中科院过程所 | 李浩然 | 2004-07:2006-12 | 7.5 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 13 | 尺寸均一高分子磁性微球的新型制备方法及其应用研究 | 20376082 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 王连艳 | 2004-01:2006-12 | 7.8 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 14 | 有机物稀溶液处理的气液两相多尺度传递规律 | 20406021 | 常志东 : 过程所 | 常志东 | 2005-01:2007-12 | 7.5 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 15 | 多尺度方法及其应用 | 20490200国家基金委重大基金项目 | 刘会洲 : 过程所 | 刘会洲 | 2005-01:2007-12 | 12 | 国家自然科学基金 | 参与 |
| 16 | 微流控芯片分子印迹整体柱层析技术的研究 | 20506026 | 雷建都 : 中国科学院过程工程研究所 | 王玉霞 | 2006-01:2008-12 | 13.11 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 17 | 新疆雪莲规模化组培快繁植株的质量监控及指纹图谱研究 | 20506027 | 袁晓凡 : 过程所 | 赵兵 | 2006-10:2008-12 | 14.4 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 18 | 均一可控的微球及其制备过程的基础研究 | 20536050国家自然科学重点基金 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 苏志国,王平,闭静秀,巩方玲,雷建都,罗坚,张松平 | 2006-01:2009-12 | 85.5 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 19 | 利用浓差极化高效浓缩生物大分子的新型膜过程 | 20576134 | 万印华 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈向荣,苏仪,李秀男 | 2006-01:2008-12 | 15 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 20 | 纳米多酶微型反应器的构建与研究 | 20576135 | 王 平 : 中科院过程所 | 张松平 | 2006-01:2008-12 | 15 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 21 | 亚基疫苗颗粒在液-固相界面的解聚和多尺度分布研究 | 20576136 | 闭静秀 : 中科院过程所 | 刘永东,罗坚,张贵锋 | 2006-10:2008-12 | 15 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 22 | 堆式原位生物反应器的铁循环的生化过程 | 20576137 | 李浩然 : 中国科学院过程工程研究所 | 杜竹玮 | 2006-11:2008-12 | 0 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 23 | 利用代谢工程手段改造微生物脱硫途径 | 30370046 | 邢建民 : 过程所 | 邢建民 | 2004-01:2006-12 | 6 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 24 | 细菌还原处理低浓度重金属硫酸盐溶液的基础研究 | 50404009 | 张广积 : 中国科学院过程工程研究所 | 张广积,杨超 | 2005-01:2007-12 | 9 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 25 | 天然油脂多维生物催化制造化学品和材料 | 062701过程所知识创新前瞻性项目 | 王平 : 中科院过程所 | 张松平 | 2006-09:2009-12 | 20 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 26 | 利用纳米粒子实现包含辅酶再生的多酶体系催化的研究 | 20060390522博士后基金 | 刘文芳 : 中科院过程所 | 张松平 | 2006-12:2009-12 | 3 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 27 | 过程工程复杂系统的多尺度研究 | 20221603中国科学院创新团队国际合作伙伴计划 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 雷建都 | 2004-11:2006-12 | 6 | 省部级项目 | 参与 |
| 28 | 过程工程复杂系统多尺度 | 5099703院海外创新团队 | 刘会洲 : 过程所 | 刘会洲 | 2005-03:2008-12 | 30 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 29 | 高速逆流色谱法制备中药标准组分 | KJCX2-sw-213 | 顾铭 : 中国科学院大连化学物理研究所 | 顾铭 | 2005-11:2007-04 | 30 | 省部级项目 | 参与 |
| 30 | 纳微结构多酶催化由天然油脂制造化学品和材料 | KSCX2-YW-G-019中国科学院知识创新工程重要方向项目 | 王 平 : 中科院过程所 | 张松平 | 2006-09:2009-12 | 45 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 31 | 反应与分离耦合的新型高效生物发酵过程 | KSCX2-YW-G-021中科院知识创新工程重要方向项目 | 苏志国 : 中科院过程所 | 万印华,闭静秀,刘永东,罗坚,王云山,张贵锋 | 2006-10:2009-12 | 25 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 32 | 棉花根系调节剂和盐碱土改良剂研发 | KSCX2-YW-N-41-04 | 张小勇 : 过程工程所 | 张小勇 | 2006-01:2008-12 | 10 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 33 | 高通量膜乳化器 | Y2004008 | 马光辉 : 中科院过程工程研究所 | 苏志国,万印华,王平,巩方玲,雷建都,张贵锋 | 2004-11:2007-07 | 77 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 34 | 系统酶催化工程的研究与开发 | 百人计划 | 王平 : 中科院过程所 | 王平,张松平 | 2004-12:2007-12 | 20 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 35 | 肉苁蓉合成苯乙醇总苷的代谢调控和生物反应器技术 | 教育部留学归国人员启动基金 | 刘春朝 : 中科院过程所 | 刘春朝 | 2005-01:2007-12 | 2 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 36 | 新疆滴灌棉田微生物修复技术的研究与应用 | 新疆重点实验室开放基金 | 张小勇 : 过程工程所 | 张小勇 | 2006-01:2008-12 | 4 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 37 | 防沙治沙生物化学复合基质的研究与开发 | 新疆自治区高技术研究发展计划项目 | 任天瑞 : 中科院过程工程研究所 | 任天瑞 | 2004-01:2006-12 | 0 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 38 | 高效生物膜分离技术平台与应用 | 中国科学院"百人计划" | 万印华 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈向荣,苏仪 | 2004-12:2007-11 | 173 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 39 | 药用植物生物技术 | 中科院百人计划 | 刘春朝 : 中科院过程工程研究所 | 顾铭 | 2003-12:2006-12 | 0 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 40 | 过程工程复杂系统的多尺度研究 | 中科院海外创新团队 | 苏志国 : 中科院过程所 | 苏志国,马光辉 | 2004-10:2006-12 | 35 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 41 | 基于现代理论和技术的复方中药系统研究（高速逆流色谱法制备中药标准组分） | 中科院知识创新工程 | 顾铭 : 中科院过程所 | 顾铭 | 2005-11:2008-12 | 22 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 42 | 新型药用纳米材料与纳米药物的研究 | 中科院重要方向性项目 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 王连艳,王玉霞 | 2006-11:2010-10 | 72.5 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 43 | 农药专用助剂的开发及应用 | 2006BAE01 十一.五攻关 | 任天瑞 : 中化化工 | 任天瑞 | 2006-10:2009-10 | 60 | 国家攻关 | 参与 |
| 44 | 中国科学院知识创新工程重要方向性项目"新疆雪莲规模化组培快繁研究" | KGCX2-SW-506 | 赵兵 : 中国科学院过程工程研究所 | 袁晓凡 | 2003-04:2006-12 | 30 | 国家攻关 | 主要负责 |
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