| 序号 | 项目（课题名称） | 编号 | 负责人及单位 | 参加人员 | 起止时间 | 本年度经费（万元） | 项目类型 | 参与类型 |
| 1 | 含砷金精矿生物预氧化槽浸反应体系的界面作用机理 | 2004CB619203 | 张广积 : 中国科学院过程工程研究所 | 杨超 | 2005-09:2009-09 | 20 | 973计划 | 参与 |
| 2 | 秸秆组分分离机制及其新方法的研究 | 2004CB719701 | 陈洪章 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈洪章 | 2004-07:2009-07 | 68 | 973计划 | 主要负责 |
| 3 | 新型固态发酵耦合过程传递规律和代谢调控 | 2004CB719703 | 陈洪章 : 中国科学院过程工程研究所 | 彭小伟,李宏强 | 2004-01:2009-01 | 19.98 | 973计划 | 主要负责 |
| 4 | 木质素、半纤维素高值化的基础研究 | 2004CB719705 | 陈洪章 : 中国科学院过程工程研究所 | 邱卫华,彭小伟,付小果 | 2004-07:2009-07 | 18.75 | 973计划 | 主要负责 |
| 5 | 非常规冶金过程模拟,多尺度量化放大与工业生态技术优化集成方法及设计 | 2007CB613507 | 刘会洲 : 中国科学院过程工程研究所 | 常志东 | 2007-07:2011-07 | 70 | 973计划 | 参与 |
| 6 | 生物炼制细胞工厂的科学基础 | 2007CB707802 | 康瑞娟 : 天津大学 | 丛威 | 2007-05:2012-12 | 0 | 973计划 | 参与 |
| 7 | 丁醇发酵—渗透汽化分离耦合过程的关键技术研究 | 2007CB714300 | 万印华 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈向荣,苏仪 | 2007-07:2012-08 | 30 | 973计划 | 参与 |
| 8 | 细胞群体效应对多产物联产的影响 | 2007CB714301 | 常志东 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘会洲 | 2007-01:2011-07 | 10 | 973计划 | 参与 |
| 9 | 细胞群体效应过程调控与规模放大 | 2007CB714304 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 晏琼 | 2007-01:2012-12 | 6.64 | 973计划 | 参与 |
| 10 | 工业生物过程单元耦合与集成 | 2007CB714305 | 苏志国 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,石红,张贵锋,李秀男 | 2007-07:2011-07 | 72 | 973计划 | 参与 |
| 11 | 工业生物过程的系统控制与优化 | 2007CB714306 | 石绍渊 : 江南大学 | 石绍渊 | 2007-07:2012-06 | 0 | 973计划 | 参与 |
| 12 | 新一代生物催化和生物转化的科学基础（生物催化剂的环境适应机制研究） | 2009CB724705 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 罗坚,雷建都,王连艳,王玉霞 | 2009-01:2013-08 | 161 | 973计划 | 主要负责 |
| 13 | 纳米技术改善难溶性药物功效的应用基础研究（纳米技术增加难溶药物功效的生物安全性研究） | 2009CB930300 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 雷建都,王连艳 | 2009-01:2013-08 | 141.2 | 973计划 | 参与 |
| 14 | 微生物脱硫与吸附脱硫耦合 | 2010CB630904 | 邢建民 : 中国科学院过程工程研究所 | 邢建民,李望良 | 2009-01:2013-08 | 60 | 973计划 | 主要负责 |
| 15 | 乳酸的生物炼制技术 | 006AA020102 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟 | 2006-12:2010-12 | 0 | "863"计划 | 参与 |
| 16 | 谷氨酸发酵高产菌种选育和过程优化控制技术 | 2006AA020301 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟,石绍渊 | 2006-12:2010-12 | 21 | "863"计划 | 参与 |
| 17 | 设施农业土壤障碍的微生物调控关键技术研究 | 2006AA10Z428 | 赵兵 : 中国科学院过程工程研究所 | 袁晓凡 | 2006-07:2010-12 | 0 | "863"计划 | 参与 |
| 18 | 用于兽药残留检测的均一分子印迹微球制备及应用 | 2006AA10Z437 | 雷建都 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲,张贵锋,张松平,王连艳,王玉霞,张竞 | 2006-12:2010-10 | 0 | "863"计划 | 主要负责 |
| 19 | 紫杉醇规模化细胞生产关键技术 | 2007AA021501 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2007-01:2010-12 | 6 | "863"计划 | 参与 | |
| 20 | 非挥发性介质提取青蒿素新技术 | 2007AA021501-1 | 赵兵 : 中国科学院过程工程研究所 | 袁晓凡,赵兵 | 2007-01:2010-12 | 25 | "863"计划 | 参与 |
| 21 | 核酸和多肽药物的规模化制备技术 | 2007AA021600 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲 | 2007-07:2010-12 | 24 | "863"计划 | 参与 |
| 22 | 多肽药物的合成与纯化 | 2007AA021603 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲 | 2008-01:2010-11 | 0 | "863"计划 | 参与 |
| 23 | 核酸和多肽药物修饰及剂型化技术研究 | 2007AA021604 | 苏志国 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,石红,张贵锋,李秀男 | 2007-06:2010-11 | 406 | "863"计划 | 主要负责 |
| 24 | 工业发酵超滤－纳滤集成技术研究 | 2007AA02Z202 | 万印华 : 中国科学院过程工程研究所 | 2007-06:2010-12 | 18 | "863"计划 | 主要负责 | |
| 25 | 难处理金精矿高效生物浸矿反应器的研制 | 2007AA060904 | 石绍渊/杨超 : 中国科学院过程工程研究所 | 张广积 | 2008-01:2010-12 | 12 | "863"计划 | 参与 |
| 26 | 高附加值壳聚糖微球的开发及应用 | 2007AA09Z439 | 王连艳 : 中国科学院过程工程研究所 | 雷建都,王玉霞 | 2007-08:2010-06 | 28 | "863"计划 | 主要负责 |
| 27 | 重组蛋白纯化工艺、安全和功能评价规范 | 2007AA100506 | 罗坚 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,石红,张贵锋,李秀男 | 2007-08:2010-12 | 19.2 | "863"计划 | 参与 |
| 28 | 饲料用抗菌肽的分子改良与产品研制 | 2007AA100602 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟,石绍渊 | 2008-01:2010-12 | 5 | "863"计划 | 参与 |
| 29 | 高强度和高密度发酵生产L-乳酸关键技术 | 2007AA10Z360 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 康瑞娟,石绍渊 | 2007-01:2010-12 | 7.2 | "863"计划 | 参与 |
| 30 | 富含纤维发酵残渣制备功能材料及其对燃料生物脱硫 | 2008AA02Z2477611 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2008-07:2011-12 | 18 | "863"计划 | 参与 | |
| 31 | 新型纳米纤维酶膜反应器的构建和界面酶催化转糖苷化反应 | 2008AA1OZ302 | 张松平 : 中国科学院过程工程研究所 | 张羽飞 | 2008-03:2010-11 | 0 | "863"计划 | 主要负责 |
| 32 | 全酶催化法清洁生产木糖醇工艺的关键技术研究 | 2009AA02Z202 | 邱卫华 : 中国科学院过程工程研究所 | 邱卫华 | 2009-01:2011-12 | 0 | "863"计划 | 参与 |
| 33 | 防病毒疫苗的高效粘膜给药载体的制备及应用研究 | 2008ZXJ9003-001 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 罗坚,巩方玲,雷建都,王连艳,王玉霞 | 2008-10:2010-12 | 93 | 国家科技重大专项 | 主要负责 |
| 34 | PEG化重组人粒细胞集落刺激因子的研究 | 2009ZX09102-239 | 刘永东 : 中国科学院过程工程研究所 | 李秀男 | 2009-01:2010-12 | 0 | 国家科技重大专项 | 参与 |
| 35 | 生物技术新药中试放大及分离纯化技术平台 | 2009ZX09306-005 | 苏志国 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,石红,巩方玲,李秀男,张竞,周炜清 | 2009-01:2010-12 | 0 | 国家科技重大专项 | 主要负责 |
| 36 | 新药技术开发关键技术研究（生物技术药新型载体及制剂研究关键技术） | 2009ZX09503 | 马光辉 : 中国科学院过陈工程研究所 | 罗坚,巩方玲,雷建都,周炜清,黄永东 | 2009-01:2010-12 | 0 | 国家科技重大专项 | 主要负责 |
| 37 | 均一、可控的微球及其制备过程的基础研究 | 20536050 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲,雷建都,王平,张贵锋,张松平,彭小伟 | 2006-01:2009-12 | 0 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 38 | 天然生物活性物质分离新方法和基础研究 | 20636010重点基金 | 苏志国 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,石红,张贵锋,李秀男 | 2007-01:2010-12 | 28.2 | 国家自然科学基金 | 参与 |
| 39 | 微藻脂肪酸合成途径的代谢调控和定向改造 | 20676139 | 康瑞娟 : 中国科学院过程工程研究所 | 丛威 | 2007-01:2009-12 | 0 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 40 | 双功能温敏微球的制备及在蛋白质组学中的应用研究 | 20706053 | 王玉霞 : 中国科学院过程工程研究所 | 王玉霞 | 2008-01:2010-12 | 7.2 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 41 | 流动式微量热法研究蛋白质在层析柱上的变构机理 | 20706054 | 张松平 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东 | 2008-01:2010-12 | 7.2 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 42 | 纳米尺度多酶催化工程的研究 | 20728607海外青年学者合作研究基金 | 王平 : 中国科学院过程工程研究所 | 马光辉,张松平 | 2008-01:2010-12 | 12 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 43 | 双孔道超大孔生物分离介质的新制备法：结构和表面性能控制 | 20804048 | 周炜清 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲 | 2009-01:2010-12 | 10.8 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 44 | 结构可控的内嵌式荷电分子筛-硅橡胶杂化耐溶剂纳滤膜的研究 | 20806084 | 苏仪 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈向荣 | 2009-01:2011-12 | 0 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 45 | 单气流通道超声雾化反应器中营养雾场分布与液滴沉降规律研究 | 20806085 | 晏琼 : 中国科学院过程工程研究所 | 2009-01:2011-12 | 10.8 | 国家自然科学基金 | 主要负责 | |
| 46 | 应用智能磁性层析介质的磁场流化层析技术 | 20876158 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2009-01:2011-12 | 26.1 | 国家自然科学基金 | 主要负责 | |
| 47 | 蛋白质层析纯化中的失活机理及新型抗失活介质的制备 | 20920102036国际合作项目 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,巩方玲,雷建都,苏志国,万印华 | 2009-01:2012-12 | 54 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 48 | 红平红球菌摄取二苯并噻吩的机制及调控研究 | 30970046 | 邢建民 : 中国科学院过程工程研究所 | 李望良 | 2009-01:2012-12 | 14 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 49 | 尺寸均一、可控的自发荧光壳聚糖纳微球制备和应用 | 50703043 | 王连艳 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲 | 2008-01:2010-12 | 8.8 | 国家自然科学基金 | 主要负责 |
| 50 | 基于微流控反应器的均一分子印迹微球制备及应用研究 | 2092027 | 雷建都 : 中国科学院过程工程研究所 | 雷建都 | 2006-01:2011-02 | 6 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 51 | 治疗PKU的基因工程乳酸菌活菌肠溶微囊及微球的研制 | D0906005040591 | 王连艳 : 中国科学院过程工程研究所 | 王连艳 | 2008-05:2009-12 | 6 | 省部级项目 | 参与 |
| 52 | 新疆雪莲新种质培育种植示范及活性组分高效制备 | KGCX2-SW-506 | 赵兵 : 中国科学院过程工程研究所 | 袁晓凡 | 2008-01:2012-12 | 56 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 53 | 新型药物可控缓释材料 | KGCX2-YW-210-1 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,巩方玲,雷建都,张贵锋,王连艳,王玉霞,张竞 | 2008-05:2010-04 | 78 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 54 | 光生物反应器研制与培养过程优化 | KGCX2-YW-223-2 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 2009-01:2010-12 | 84 | 省部级项目 | 参与 | |
| 55 | 木质纤维原料发酵联产氢气和甲烷的关键技术 | KGCX2-YW-337中科院创新 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2008-01:2010-12 | 20 | 省部级项目 | 主要负责 | |
| 56 | 光生物反应器技术 | KGCX2-YW-374-4 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 2009-06:2010-12 | 12.96 | 省部级项目 | 参与 | |
| 57 | 新型药用纳米材料与纳米药物的研究 | KJCX2-YW-02中科院重要方向 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 王连艳,王玉霞 | 2006-11:2010-10 | 45 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 58 | 木质纤维素与处理与优化分析 | KSCX1-YW-11A1 | 陈洪章 : 中国科学院过程工程研究 | 李宏强 | 2008-12:2011-02 | 30 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 59 | 木质纤维素原料的水解过程工艺 | KSCX1-YW-11A2 | 邢建民 : 中国科学院过程工程研究所 | 李望良 | 2008-01:2010-02 | 40 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 60 | 纤维素乙醇发酵过程优化与控制 | KSCX1-YW-11D1 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2008-07:2010-09 | 50 | 省部级项目 | 参与 | |
| 61 | 乙醇发酵分离耦合系统 | KSCX1-YW-11D2 | 万印华 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈向荣,苏仪,沈飞 | 2001-01:2010-12 | 80 | 省部级项目 | 参与 |
| 62 | 纤维素乙醇的技术经济分析与技术评价 | KSCX1-YW-11D3 | 赵兵 : 中国科学院过程工程研究所 | 2008-08:2010-12 | 20 | 省部级项目 | 主要负责 | |
| 63 | 纳微结构多酶催化由天然油脂制造化学品和材料 | KSCX2-YW-G-019 | 王平 : 中国科学院过程工程研究所 | 罗坚,万印华,张松平,苗士达 | 2006-11:2009-12 | 30 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 64 | 发酵产品提取中的酸碱再生技术 | KSCX2-YW-G-020 | 丛威 : 中国科学院过程工程研究所 | 石绍渊 | 2006-01:2009-12 | 15 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 65 | 用转基因小球藻生产兔防御素的关键技术研究 | KSCX2-YW-R-2 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2009-07:2010-08 | 36.5 | 省部级项目 | 参与 | |
| 66 | 尺寸均一的纳米球快速制备装置 | Q2009NM16 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 巩方玲,雷建都,王连艳,王玉霞 | 2008-12:2010-12 | 102 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 67 | PEG（聚乙二醇）修饰蛋白质药物技术及产业化 | TJZX2-YW-12 | 苏志国 : 中国科学院过程工程研究所 | 刘永东,罗坚,石红,张贵锋,李秀男 | 2009-03:2010-12 | 30 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 68 | 西藏红景天种质资源评价和规模化繁育 | YZ-06-03 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2006-01:2009-12 | 0 | 省部级项目 | 主要负责 | |
| 69 | 新型膜浓缩装置的研制 | YZ200723 | 万印华 : 中国科学院过程工程研究所 | 陈向荣,苏仪,沈飞 | 2007-01:2009-09 | 63 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 70 | 快速膜乳化器 | YZ200816 | 马光辉 : 中国科学院过程工程研究所 | 罗坚,巩方玲,雷建都,王连艳,王玉霞 | 2008-09:2010-08 | 60 | 省部级项目 | 主要负责 |
| 71 | 数控化微藻培养设备 | YZ200947 | 刘春朝 : 中国科学院过程工程研究所 | 2009-01:2011-02 | 0 | 省部级项目 | 参与 | |
| 72 | 天山雪莲人工引种驯化研究 | 北京市科委专项 | 赵兵 : 中国科学院过程工程研究所 | 2008-01:2009-12 | 25 | 省部级项目 | 主要负责 | |
| 73 | 大豆深加工行业清洁生产关键技术与示范工程 | 松花江重污染行业清洁生产关键技术及工程示范课题子课题 | 张贵锋 : 中国科学院过程工程研究所 | 黄永东 | 2008-01:2010-12 | 30 | 省部级项目 | 主要负责 |
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