2011年7月19日，从科技部传来好消息，根据科技部“关于发布2011年生物科学领域和医学科学领域国家重点实验室评估结果的通知”(国科发基〔2011〕274号)，生化工程国家重点实验室(以下简称生化室)在此次评估中获得良好的成绩。这是生化室自1995年通过国家计委验收以来，第三次接受评估并取得了良好成绩。
科技部的评估意见对生化室的研究定位和5年来取得的成绩给予了高度的认可，认为“该实验室瞄准国家在资源、能源和制药生化过程中的重大需求，定位于生化过程中的应用基础研究，就生化反应工程、分离工程和剂型化工程开展了具有重要科学意义的研究。实验室定位和研究方向明确，研究重点突出，有多学科交叉特色”。
五年间，生化室围绕研究定位和重点发展方面，在“秸秆酶解发酵关键过程的研究”、“油品生物脱硫的过程工程研究”、“低品位复杂矿生物冶金的工程学基础研究”、“蛋白质药物分离纯化和修饰过程的创新设计及应用”、“生化工程介质的制备和应用研究”方面取得五项代表性研究成果，均得到专家组的充分肯定和高度评价。此外，生化室通过人才引进和自身培养，已形成了一支以中青年骨干为主的高水平科研团队。通过“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，生化室与国内外同行开展了实质性学术交流活动，成绩显著，主办国际学术会议8次，批准对外开放课题31项。
专家组对生化室的管理和依托单位的支持等方面也给予了充分的肯定，认为“实验室重视发挥学术委员会的指导作用，实验室管理规范，仪器设备共享率高。实验室主任具有很高的学术水平和很好的组织管理协调能力。依托单位在人力和物力等方面提供了充分的保障”。
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